Toàn bộ xã Trường Yên hiện nằm trong vùng bảo vệ đặc biệt[3] của cố đô Hoa Lư theo quyết định 82/2003/QĐ-TTg của thủ tướng chính phủ năm 2003. Hiện nay, tỉnh Ninh Bình đang có nhiều chính sách để phát triển kinh tế xã theo hướng đồng bộ du lịch lịch sử nhằm khai thác lợi thế của vùng đất cố đô. Xã Trường Yên nằm trong quần thể danh thắng Tràng An đã được Unesco công nhận là di sản thế giới, do đó, những làng cổ ở Trường Yên thu hút sự quan tâm đặc biệt. Theo thống kê sơ bộ hiện có khoảng trên 50 nhà cổ nằm rải rác trong toàn xã, một số vẫn giữ được nguyên trạng, có hai kiến trúc tiêu biểu giữ được nguyên trạng, được xếp hạng di tích lịch sử văn hóa là nhà thờ họ Giang và nhà thờ họ Dương.[4] Nét đặc trưng của các làng cổ Trường Yên là kiến trúc nhà cổ ven núi đá vôi, đá hiện diện phổ biến như các cột đá, tường đá, bậc thềm, cổng đá, sân đá, bậc cầu ao bằng đá...

Làng cổ Yên Thành

Làng cổ Yên Thành được giới hạn bởi 3 cổng chốt: cửa bắc vào trung tâm di tích Hoa Lư, cửa bắc vào kinh đô Hoa Lư xưa tại vị trí cầu Dền và cầu Đông nối với làng Yên Thượng. Đây là một làng cổ có vai trò trung tâm kết nối không gian giao thông và văn hóa với các làng lân cận của Hoa Lư tứ trấn.

Làng nằm khá biệt lập, ba mặt giáp sông Sào Khê ngăn cách với làng Yên Thượng, phía nam giáp với các di tích trung tâm cố đô Hoa Lư, phía tây giáp với núi Đìa, núi Chợ.

Làng Yên Thành được chia thành 4 thôn: Đông, Đoài, Nam, Bắc. Đây là làng duy nhất ở Trường Yên chia thôn theo các hướng cổ truyền Việt Nam. Trung tâm xã Trường Yên thuộc làng này.

Về vị trí so với kinh đô Hoa Lư xưa thì làng cổ Yên Thành nằm ở phía bắc của thành Đông. Trong sơ đồ kinh đô Hoa Lư thì thành Đông là nơi đặt cung điện trung tâm, thành Tây là khu hậu cung, thành Nam là khu vực phòng thủ quân sự.

Nhờ ở vào vị trí đặc biệt mà làng Yên Thành có rất nhiều di tích của cố đô Hoa Lư và lưu giữ nhiều phong tục tập quán cổ truyền. Đình Yên Thành là nơi sinh hoạt của làng. Các di tích khác do làng quản lý gồm: đền Vua Đinh Tiên Hoàng, đền Vua Lê Đại Hành, chùa Nhất Trụ, phủ Vườn Thiên, chùa Cổ Am và phủ Chợ.

Làng cổ Chi Phong

Làng cổ Chi Phong nằm trọn trong thành Tây kinh đô Hoa Lư xưa. Làng đồng thời là một trong 16 thôn của xã Trường Yên. Cư dân làng Chi Phong quần tụ thành 3 xóm: Ngô Lân, Trung Lân và Chi Phong. Làng Chi Phong là quê hương của ông tổ nghề xây dựng Ninh Hữu Hưng. Hiện nay trên địa bàn làng có nhiều di tích văn hóa như đền Bim thờ vị quan trấn giữ thành Tây, đền Vực Vông thờ Bùi Văn Khuê và Nguyễn Thị Niên, chùa Duyên Ninh là ngôi chùa cầu duyên thời Đinh Lê và chùa Kim Ngân là nơi cất giữ vàng bạc, ngân khố quốc gia thời Đinh Lê.